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    特征 单细胞,少数群体或具分枝的丝状体;多数有2条不等长,排列不相称的鞭毛,极少数无鞭毛作变形虫状运动或不能运动;细胞核大而明显,有念珠状色质线,有核仁和核内体(endosome),原生质中央为1个大的液泡,有的还有搏动,有的有1个眼点,有的具单眼;色素体1或多个,黄绿色或棕黄色,偶为红色;色素体中除了含叶绿素a、c和β-胡萝卜素外,还有几种特有的色素,如硅甲黄素、甲藻黄素、新甲藻黄素、环甲藻素;贮存养分为淀粉、淀粉状物质或脂肪。一般自养,少数腐生或寄生;繁殖方式主要是细胞分裂及产生游动孢子或不动孢子,有的可产生芽胞(cyst),有性生殖只见于少数种。
细胞呈球形、三角形、针形、前后略扁或左右略扁,前后端常有突出的角除少数裸型种类外,都有厚的主要是纤维素构戍的细胞壁,称为壳(theca)。壳的构造复杂,是由多边形的板片排列而成。可分上下两部,上部为上壳(epitheca),下部为下壳(hypotheca),两部之间有一横沟,和横沟相垂直的还有1个纵沟(sulcus),纵沟的大部分在下壳,板片的数目以及排列方式不同,可作为分类的依据;壳面光滑或有穿孔的真孔,或周围厚而中央薄的拟孔;壳面有的平直,有的具小刺或突起。细胞核1个,圆形、椭圆形、细长棒状或弯曲呈香肠状。核仁1至数个。染色体排列如串珠状,某些种的染色体为层片状(如南京产的双脚多甲藻)。细胞质一般外层较浓、呈颗粒状,含有色素体;内层有细胞核和液泡,鞭毛孔附近的细胞质多呈液状,可以伸出原生质线来。色素体呈圆盘状,多数排列于细胞质的外层,但也有梭形或带状的呈放射状排列。许多原始种类只有1或2个大片状色素体。有的无色素体,如海产尖尾藻。搏动泡在细胞中央,呈球形或长圆形,育的有2个搏动泡。有微细的管自鞭毛基部伸至体外,泡内有赭红色的液状物。鞭毛2条,生于腹面;其结构与运动方式不同,一条环绕横沟为带状,横在沟内
作波浪状摆动;另一条穿过纵沟伸间体外,为鞭状,也有线状或带状者,运动为拽动。2条鞭毛一起运动时,使藻体成螺旋状向前滚动,即横沟内的鞭毛使藻体滚动而纵沟内者便藻体前进。
繁殖方法 主要繁殖方法是细胞分裂,每个子细胞各为母细胞的一半,另外的一半由子细胞自己发育;或是在母细胞体内产生2个或偶为多个能运动的游动孢子,或不能运动的不动孢子;此外,休眠型的芽胞也有发现。有性生殖仅在少数属种中发现。
分类及代表植物 约1500种,可分沟鞭藻纲(Dhophyceae)等4纲。

生态习性 甲藻分布很广,淡水、半咸水、海水中都有,为主要的浮游藻类之一,海生种类很多,尤以热带海洋最多,在寒带海洋中种类较少而数量较多。许多甲藻趋光性强,只生于一定光度的水层中,有些甲藻喜生于河口或沿岸海区,少数可生于浅海沙滩上,呈绿色或棕色。生活于淡水中的种类,多喜在酸性水中,当水中含腐植质酸性时常有甲藻生存。某些种为寄生种,寄主
有鱼、挠足类或其他无脊椎动物,有些则可与腔肠动物等共生。
甲藻对水温的要求亦较其他藻类明显,水温恒定的水层与水温变化的水层分布的种类不同,在较为恒定的远洋生长着多数裸露的种类,而易受海岸影响的海区则多为有甲壳的种类。
在光照和水温适宜时,甲藻能够在短时期内大量繁殖,与硅藻一样为海洋动物的主要饵料,故有"海洋牧草"之称。但也时常由于突然死亡而造成毒害,常称为"赤潮",引起鱼虾死亡。
经济意义 由于每年有大量甲藻死亡后沉积到海底,所以是古代生油地层中的主要化石。在世界各国的石油勘探中,常常把甲藻化石,当做地层对比的主要依据。我国的辽河、河北和山
东等地就可用Deflandrea和Bohaidinca对第三纪地质地层进行对比.又由于甲藻的生态适应性范围较小,便可用甲藻的化石推测古代地貌或古地理,如古代的水
体形态、水的含盐量以及水深、水温、光照强度等。


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